โรงพยาบาลบ้านไร่ตั้งอยู่ที่ 307 หมู่ 1 ตำบลบ้านไร่ อำเภอบ้านไร่ จังหวัดอุทัยธานี มีอาณาเขตทิศเหนือ ติดต่อกับอำเภอลานสัก อำเภอห้วยคตและอำเภอหนองฉาง จังหวัดอุทัยธานี ทิศใต้ ติดต่อกับอำเภอด่านช้าง จังหวัดสุพรรณบุรี ทิศตะวันออก ติดต่อกับอำเภอหันคาจังหวัดชัยนาท ทิศตะวันตก ติดต่อกับอำเภอศรีสวัสดิ์ จังหวัดกาญจนบุรี

โรงพยาบาลบ้านไร่ตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2521 โดยมีผู้มีจิตศรัทธาชื่อคุณชัยสว่าง แห้วเพ็ชร
เป็นผู้มอบที่ดินจำนวน 15 ไร่ เพื่อใช้ในการก่อสร้างโรงพยาบาล

โรงพยาบาลบ้านไร่เป็นโรงพยาบาลขนาด 10 เตียงเปิดดำเนินการครั้งแรกเมื่อต้นปี พ.ศ. 2522 และทำพิธีเปิดอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 27 พฤษภาคม พ.ศ. 2525 โดยศาสตราจารย์นายแพทย์เสม พริ้งพวงแก้ว  รัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุขเป็นประธานในพิธี มีนายแพทย์วิวัฒน์ จินตะจะณะ ดำรงตำแหน่งเป็นผู้อำนวยการโรงพยาบาลบ้านไร่คนแรก ในขณะนั้นมีเจ้าหน้าที่ประกอบด้วย พยาบาล 1 คน ผดุงครรภ์ 1 คน พนักงานอนามัย 1 คน และนักการภารโรง 1 คน รวมเป็น 4 คน ปี พ.ศ. 2535 ขยายการให้บริการเป็นโรงพยาบาลขนาด 30 เตียงและในปี พ.ศ. 2547 ได้เปิดตึกผู้ป่วยในเพิ่มขึ้นอีก 1 ตึกจึงขยายบริการเป็นโรงพยาบาลขนาด 60 เตียงในเวลาต่อมา